Neen, beide instellingen zijn grotendeels complementair: de IF werkt voor de verschillende regeringen, het Rekenhof voor de parlementen. Bovendien geeft de IF haar adviezen alvorens de definitieve beslissing genomen wordt; het Rekenhof onderzoekt de dossiers pas achteraf.
Dit impliceert dat de IF meestal binnen een korte termijn een advies geeft over een specifiek dossier, en het Rekenhof gewoonlijk later meer diepgaande studies en analyses maakt die eventueel verschillende overheidsdiensten omvatten.
De controle van beide instellingen heeft ongetwijfeld ook een preventief effect.